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所有不同季节盛开的花都一概在同一个季节内盛放。幻想乡的所有少女们很快就察觉到这次异变的发生。为了解决异变，有些是因为好奇，有些是因为感到有责任，还有些因为觉得很沉闷，大家都各自出发寻找解决办法。很快地，少女们都在红魔馆附近的“雾之湖”处出发，开始四处探求异变的解决方法。
东方文化贴：
文花帖是天狗记下新闻素材的不可思议的笔记本。
魔理沙「说起来，这段时间我捡到了本让我感觉很不爽的笔记本，也不知道是谁的东西」
灵梦「是吗，烧掉了？」
魔理沙「为什么要马上烧掉啊。然后，那本笔记本里密密麻麻地贴着照片，每张还写着自言自语似的解说。很不爽吧？」
霊梦「不爽呢。然后烧掉了？」
魔理沙「啊啊烧掉了呀。在心里。尽是些妖怪和弹幕的奇怪照片，‘这张照片用不了’啦这张照片能当素材’啦，这么写到。呐，很不爽吧？」
乌鸦在叫。差不多快日落了。不是布谷鸟在叫真是太好了。
灵梦「然后，那本笔记本在哪了？」
魔理沙「因为感觉不爽正想带回去，我心里高兴地走着的时候，不知为何已经不在手上了。可恶，也许被乌鸦拿走了吧」
灵梦「那才是令人不爽的事啊。烧的不是笔记本，而是你啊」
天狗和乌鸦在幻想乡能飞得最快。在号外乱飞时，幻想乡的新闻记者射命丸文为了收集素材寻找着妖怪。
东方风神录：
博丽神社。位于幻想乡东侧境界内一个寂静的神社。忘记回家的妖怪们仿佛把这里当成了自己的寝室一般，一直以来这里都因为人类以外的生物而无比的热闹。充满妖怪的神社自然不会有人类的参拜客到访，神社内的神灵因为信仰心的不足而烦恼。即便那样的神社也会有转机到访。神社的巫女，博丽灵梦正烦恼着。
灵梦「怎么样才能把妖怪们赶回去啊。怎么样才能收集人类的信仰啊」
魔理沙「噢。好象很好吃的丸子嘛」
灵梦「啊，魔理沙。嗯」
魔理沙「烦心事吗？」
灵梦「前不久，出现个有点奇怪的访客」
魔理沙「这个神社啊，不净是些奇怪的访客吗」
对于神而言信仰心就是他们的力量。缺少参拜客的博丽神社，其力量逐渐衰退，现在已经跌落到在那据说有八百万众神参与的会谈中其意见被大家无视的地步。即使说幻想乡中的神社仅此一家，但不可否认和外面的世界中拥有若干神社的神相比其拥有的信仰心的不足，博丽神社的地位正急速下跌。
灵梦「的确妖怪也是奇怪的访客。但前不久，来了个奇怪的人类啊」
魔理沙「人类的访客？那还真是希奇啊」
灵梦「那家伙发出了要神社停止营业的命令呢」
魔理沙「等等，你这个神社有在营业吗……」
博丽神社，除了提供神的住处以外，还担当着幻想乡中另一个不可或缺的职责。因此灵梦认为，不管再怎么失去信仰心，停止营业也是不可能发生的事情。那个不可或缺的职责，就是守护隔绝幻想乡和外面世界的境界……。
魔理沙「要神社停止营业啊，真是奇怪啦。说来要怎么处置停止营业后的神社？」
灵梦「要关门吧，那个，说要转让给住在山上的神」
魔理沙「嗯。双重的奇妙感啊」
灵梦「虽然不知道那时侯出现的人类是什么人……不过怎么想这也不是一般的神会说出口的事情吧」
魔理沙「是啊。不过我对那个人类也比较感兴趣就是……那你打算怎么办啊？
不会说当真要把神社转让给那个迷之神吧？」
灵梦「如果说山上那位神能够收集到比现在更多的信仰心的话，那倒是有可能啦。
能帮我把妖怪赶回去，最重要的是那样不就更像一个神社了吗？」
魔理沙「这样啊。就算是神社里的神变了，对于灵梦也没什么大影响是吗」
灵梦「不过呢。怎么想那件事都太可疑了。
想把之前的神赶走，自己趁机篡夺其位这种事情太可疑。那个人类也是，似乎拥有力量……但却是没见过的生面孔。绝对是什么妖怪，冒牌货或者邪神之类的！」
烦恼的结果，灵梦决定亲自上山去见那个所谓的神。有意避免入山的灵梦，终于认真开始考虑关于失去信仰心的神社的问题，下了一个很大的决心。这个时候，她还没想到接下来会有战斗在等待着她。
云上充满了光芒，远处能听见机械传来的声音，是天狗的工场醒来了吗？这里是集落中的人类所无法踏入的世界，树木建造的房屋，不合时令的蛙声，数不清的蛇蜕皮后的空壳。她就在那里，一直呆在这个地方，和一个人类一起。
角首先来到妖怪之山的山脚下，击败了红叶之神秋静叶。之后在烤红薯的香气里打倒了秋静叶的妹妹——丰饶之神秋穰子。随后主角继续进入山中，在树海里击退了试图将其赶走的键山雏。在山中的溪谷，主角偶然遇到了河童——河城荷取。荷取试图阻止主角继续进入，但是被击败。于是主角继续前行，来到九天瀑布，将负责守卫的白狼天狗犬走椛打败。之后受命前来劝阻的射命丸文与主角交涉失败，与主角发生战斗。被打败后，文告诉了主角山上那个刚搬来的神社的位置。来到新神社——守矢神社，主角见到了风祝——东方谷早苗。早苗被打败后，带领主角见到了山上的神明——八坂神奈子。八坂神奈子被击败后，与博丽神社达成了和解。最后灵梦在博丽神社里建了一个守矢神社分社。
东方绯想天：
自从巫女进山以来，已经过了快1年了。博丽神社的危机也避免了，没发生任何事，就这样和往常一样，炎热的夏天来了。但是，巫女却被这连续干旱的异常气象所烦恼。为何在这梅雨季节里，神社几乎连一场雨都没下。不止如此，雨不间断的森林，经常因为浓雾而看不到的洋馆，不存在于这季节的雪……异常气象到此为止，已经是非常严重的异变了。了解这异常气象实情的人，一个都没有。但是，如果仔细观察一下的话，谁都应该看得很清楚了吧。周围时常持续晴天，周围时常持续细雨，周围时常被浓雾所包围的人……对，这气象现象仅仅只是在个人的身边发生。各种各样的气象现象交织在一起的时候，就开始变成了真正的异常气象吧。当窥视到异常气象的原因时，异变解决战争开战的信号在大地响起：
——足以震塌神社的大地震。正因为这个地震，只有在神社的巫女才能感到，所以让她出山调查异变解决的理由已经很充分了。
冬天被白雪覆盖着的博丽神社。虽然神社一度因为地震而倒塌，但是现在已经基本恢复原貌了。有一天，突然发生了一件令博丽神社的巫女，博丽灵梦，大吃一惊的事。在博丽神社的附近，突然冒出了一股冲天的白柱，间歇泉。虽然平时碰上什么突发事件她都会去解决，但是这次的事却让她在惊奇之余更有一种惊喜。因为她觉得间歇泉一定会融化冰雪，并且喷涌出能缓解人类和妖怪疲劳的温泉。
魔理沙「……靠近间歇泉的话不会很危险吗？」
灵梦「毕竟是个招揽神社生意的好机会，就算来客会遇上点危险也没关系的。如果冒出温泉来的话村子里的人绝对回来参拜的。」
魔理沙「我看就算有人来也只是冲着温泉而已」
不过，事实却与灵梦所期望的有点不同。因为从间歇泉里喷涌出来不仅仅是温泉水而已。接二连三地跑出来的还有异样的东西。地灵——居住在地底的妖怪们。因为这个突发情况，灵梦她们也为如何处理这个间歇泉而烦恼着，最终她们决定还是把它当作温泉来对待。
而事实上，那些地灵确实都比较老实。虽说是地灵，但主要都是地缚灵变化而来的。灵梦认为，对于妖怪啊幽灵啊一直横行的幻想乡，就算现在多跑出来这些地灵也不会造成多大的影响。不过，巫女的判断却招来了妖怪们的不满。因为地灵的背后有着灵梦她们所不知道的秘密。住在红魔馆里的魔法使，帕秋莉·诺蕾姬察觉到了地下的妖怪和地灵涌现到地面上来这件事的危机。她曾经在书里看到过，地下沉睡着不输于地上的妖怪的强大力量。也知道地上的妖怪是不能轻易地去到地底之城的。但是，她的身边却没有什么能商讨这个问题的人。灵梦迟迟不行动让她心急如焚，于是她只好很不情愿地去找幻想乡中最古老的妖怪商量了。古老的妖怪——八云紫觉得地上的妖怪对于地底界的干涉应当尽量避免。
紫「地底界属于别的＜组织＞在管理着，所以我们不能采取太明目张胆的行动」
帕琪「如果人类再不采取行动的话那么就会被地底的家伙们占领先机啊，即使这样也没关系吗」
紫「说的也是……而且如果继续放任不管的话你们＜又＞采取什么鲁莽的行动那也不太好呢」
帕琪「又是指的什么……算了这个先不提，你打算行动了？好像你对地底的事也比较了解」
紫「不，我们不必行动。潜入地底的只有人类。因为……这次的事件可能是想要引诱我们出动的陷阱」
紫只答应了把灵梦她们送往地下，而妖怪们则在地上担任援助的工作。被封印的妖怪们，随着强烈的间歇泉的喷涌而觉醒了。大地的记忆一个接着一个地具体化，再过不多久幻想乡就会转回到古老历史的时代了吧。地底的妖怪们因为有着可怕的能力所以才会被囚禁在地底。这些妖怪重返地面，不管对人类还是妖怪来说都是不希望看到的事。静静地闪耀着光亮的雪。被美丽的色彩包围着的宫殿。她，就在那里。
主角开始进入地底世界，而与其搭档的妖怪则在地面上支援。首先来到了昏暗的幻想风穴，在这里主角先后击退了琪斯美和黑谷山女。之后主角继续前行，在洞窟的尽头，来到连接着地底的桥。打败了水桥帕露西，主角进入旧都。在旧都的街道上，与星熊勇仪展开比试。击败星熊勇仪后，主角根据她的提示来到地灵殿，期间击退了猫形态的火焰猫燐的袭扰。之后主角见到了地灵殿的主人古明地觉，并将她打败。觉指出间歇泉可能与她的宠物有关系，于是让主角从中庭进入更深的地下。在灼热地狱遗址里，主角打败了试探其实力的阿燐。阿燐指引主角进入地底都市最深处。在与造成了间歇泉产生的灵乌路空战斗并击败她后，主角明白了怨灵的出现其实是阿燐故意放出以引起地上人注意，而间歇泉已无法停止。不过主角对于附身在阿空体内的神灵感到不解，并对妖怪山上的两位神明产生了怀疑……
东方星莲船：
土地变得泥泞，曾被寒冰覆盖的大地上，万物开始复苏。覆盖着幻想乡的少量积雪，封住了在这个冬天苏醒的地灵们，也足以使妖精们的活动变得迟钝。这样安稳沉睡的季节也即将告一段落。博丽神社。远离人类村庄的边境之地上建起的神社。博丽神社的巫女博丽灵梦从居住在森林里的魔法使那儿听到了一个传闻。据说，有人目击到云的缝隙中有不可思议的船在空中飞行。那艘船在云间穿行着，似乎在寻找着什么。
魔理沙「……那船是七福神所乘坐的宝船，据说只要抓到它就能一辈子衣食无忧了耶。所以说它一直在躲避着欲望深重的人啊」
灵梦「那么蠢的传闻你也信啊？」住在森林的魔法使雾雨魔理沙皱起了眉头。
魔理沙「我怎么可能信啊？再说要是真的有这么艘船在天上飞，在这神社就能看得见才对」
灵梦「宝船啊——」
魔理沙「去年因为夏天气候异常农作物歉收嘛。因为人心不定才会有那样的传闻招摇过市。这就是所谓求神保佑，或者说是等别人来救吧」
灵梦「宝船啊——也就是说，藏着全世界的珍品和金银财宝」
魔理沙「对了。就是据说有七福神乘坐着的宝船。」
灵梦「宝船啊——」
魔理沙「唔……」
灵梦和魔理沙的对话中断了。枳句来巢，空穴来风。虽然不能确定到底有没有宝船，但是说不定是真的有人类看见了天上有什么东西在飞，才传出了这么个传言。两人都像是不愿让对方察觉自己的心思似的。一位从山上下来的访客，打破了这静寂。
早苗「啊，真奇怪。你怎么还在这里呀」
她是最近来到那座山的人类，东风谷早苗。
灵梦「你不常来这里呢。有什么事？」
早苗「虽说没什么大事啦……难道灵梦小姐没有看见天上有一艘船在飘浮吗？我还以为你已经行动起来了呢」
灵梦和魔理沙面面相觑。
灵梦「在空中飘浮的船？」
早苗「我有点事情想要找那艘船，正打算搜集一点信息……」
灵梦「诶？等等」
魔理沙「有船在天上飞，这事是真的？」
早苗「诶？你们不知道吗？你们瞧，明明那么明显的」
早苗以『你怎么才知道』的表情指向空中。灵梦与魔理沙跟着抬起头。在那儿，有一个前所未见的庞大黑影，快要消失在云中。蓝天被船影所遮掩，连云也仿佛变成了紫色。船中空空如也。曾在船中的金银财宝早已散佚，剩下的东西也散发着陈年霉臭。仅凭凛冽春风，仍不足以将那霉味吹散。但是，只有那位大人留下的宝物，即使变成碎片也不会失去威力吧。如果能将那碎片收集起来，说不定……
主角们首先遇到了正搜寻飞仓碎片和宝塔的纳兹琳，将她打败后又遇到了无所事事想要吓人的多多良小伞。小伞被打败后，主角再次看到船，于是继续向船进发。到了船上，认为主角是前来掠夺的云居一轮和云山向主角发起攻击。失败后，暂时逃掉了。之后再次登场的一轮从云山处听说主角正在收集飞仓碎片（UFO）。于是想要主角交出以使某人复活，但是被拒绝。被主角击败后，一轮以为主角想要亲自将那人复活，将主角引进船内。在圣辇船内，主角遇到了船长村纱水蜜。为了使船向魔界进发，村纱拖住了持有飞宝的主角。于是主角与船一进入了魔界。在魔界里，主角再次见到刚刚拿到宝塔的纳兹琳。打败她后，主角见到了毘沙门天的代理寅丸星。寅丸星被击败后，与主角一起解开了封印。在法界中，主角见到被解开封印的圣白莲。因为无法认同白莲对于人与妖怪平等的言论，与她发生战斗。后来，白莲向守矢神社寻求帮助，一同将船改造成命莲寺。
东方神灵庙：
博丽神社，座落于远离村子的边境之地。大地从皑皑白雪的冰封中复甦，幻想乡再度恢复她原本的美貌。樱花与神灵共同漫舞在怡人的春意之中。
灵梦「樱花好看是好看啦」
魔理沙「樱花好看不就好了吗」
在幻想乡里没有活著的生物会白白错过盛开的樱花之美。博丽灵梦和雾雨魔理沙，这两个活人也不例外。
灵梦「但是却有一股不好的预感呢」
魔理沙「真神奇。我也是」
落樱缤纷春不待，如果错过了这次机会，可能得等到紫藤绽放的春夏之际才能赏花了。但是两人依然无心在樱花树下席地而宴。为何呢?因为正体不明的灵体在两人面前倏现骤消的飘浮著。
灵梦「好像，之前也经历过这种幽灵遍地的春天呢」
魔理沙「啊，不过当时根本没办法赏花啦。因为春意都被抢光光了」
灵梦「嗯，当时是冥界那两个人在搞鬼呢」
魔理沙「对嘛，任何和灵体有关的事情肯定和她们脱不了关系」
灵梦「没错，只要这麽想的话淮没错啦」
后来才明白这些四处飘浮的正体不明灵体，既非普通幽灵，也不是前阵子出现的怨灵。这些是神灵。本应超脱为神的灵体。一般而言，神灵多半居住在神社裡，其实它们是随处可见的没有固定型态的灵体。这些神灵让她们困惑不已。
魔理沙「再这样下去，明天就没办法赏花了耶。好吧」
灵梦「什麽？」
魔理沙「啊，嗯。没什麽啦。我只是对这些神秘的灵体感到好奇」
灵梦「是该动身了。调查一下这些灵体出现的原因吧」
眼见机不可失。两人趁著夜色，争先恐后的动身调查。
另一方面，山上的神社也发生了异变。坐落于妖怪之山的守矢神社，神社的巫女东风谷早苗，身边也出现了这些神秘的灵体。早苗觉得很不可思议，不过她察觉到这些灵体并非幽灵。这些灵体是神灵。和神奈子大人以及诹访子大人具有相同的性质。超乎常人的强烈人欲、想法、恐惧与情感，是神灵出现的原因。一般而言，神灵很少危害人类，如果没有强烈的欲望。例如祈求丰收或是除厄避邪等，是不会产生神灵的……。
早苗认为，这些神灵可以利用。收集神灵就像是收集人类的欲望，这和收集信仰本质上是相同的。然而，早苗也不知道为何神灵会如雨后春笋般出现。而且也没发现足以席卷整个幻想乡的巨大欲望。于是早苗决定前去调查神灵出现的原因。值此同时，冥界也出现了异变，有其他灵体混杂在幽灵中。不，正确来说，是从幽灵身上接二连三出现神灵随即消失，然后再度出现不断循环著。
冥界的庭师，魂魄妖梦对此大惑不解。当然，她也感觉到神灵从自己的身上出现。这些虚无飘渺的神灵转眼间就消失，但是却能感受到微薄的意识。不，这些刚诞生的神灵没有什意识可言。或许就像新冒芽的植物驱光性本能一样，一半是人类、一半是幽灵的妖梦能感受到这一点。这些灵的目标是人类村落方向。正当妖梦这麽想的时候，村子方面隐约浮现一抹微亮。
妖梦「原来如此。不是只有我身上会出现神灵，任何生物都会吧。」
于是妖梦放下手边的工作，立刻前去调查，不过……。神灵似乎在寻找能接受自己的人类。
在阴暗土臭的灵庙中。神灵们幽暗的微光勉强映照著四周，但随即被黑暗吸收，连自己的全貌都无法完整呈现。这时候神灵察觉到一件事。我们每个人都有想贪分、闪躲弹幕，或是发动符卡的欲望，但谁能倾听我们这些微小的欲望呢？终究是幻想罢了。这一丁点欲望最后还是得靠自己的努力才能达成。然而神灵依然寄託这一缕微弱的希望坚定不移的朝黑暗中前进。就这样，这些神灵连自己诞生的原因都不知道，最后化为虚无。它们没有注意到，有人正暗自看著这些神灵窃笑。随著复活的时机来临，她的脸上泛起一抹微笑——同时更坚定复仇的誓言。
东方心绮楼：
再三而至的天变地异，无可反抗的天灾之恐怖，这些给人类村落带来了悲观的厌世情绪。村落被沉闷不堪的空气卷旋缠绕。但尽管如此，仍然看不出丝毫的绝望感。非要给个诠释的话，差不多类似于不管怎么做，都不会改变未来的闭塞感吧。
‘这不是挺好嘛！’
不知是谁发出的声音，听起来倒是有那么点道理。对啊，若是不会改变的话，不就表示干啥都行么？没错，包括再多点瞬间性的生活，那种心跳的感觉。于是村落里不再闭塞麻木，居民的心灵被一点点解放，与此同时，秩序也被逐渐地打乱。也有人以别的方面看待这样的情形，他们被称为宗教家。
宗教家考虑的，当然是把混乱不堪的人心掌握到自己的手中。这样在取回秩序的同时，也是给己方收集信仰的绝好机会。
在幻想乡建立寺院的僧侣，舍弃俗世，以不老不死为目标的道士，还有希望复权的巫女。她们下定决心喊出口号。
「这个时候就该是我出场的时候了」。
来吧，以各自的信念为武器，来场充满魅力的战斗吧，宝贵的人气正等着你们去相互争夺！
东方辉针城：
博丽神社。建在远离人类村庄的边远之地的神社。神社的巫女、博丽灵梦正困扰着。因为驱魔棒不听话了。随随便便动起来的驱魔棒。没错，这不就是付丧神化了吗？那么这样一来不就成她的敌人了吗？但是，她并不打算行动。因为，自己动起来的道具非常方便。可能是因为感到内疚，她并没有告诉任何人。就在这时，不曾预料的事态发生了。
魔法森林。全年都十分潮湿的森林。在其中有一个比较干燥的空间。那就是魔法使雾雨魔理沙的家。看来随意驱赶周围的湿气，让这里干燥的，好像就是她引以为豪的道具，迷你八卦炉。喷火的道具迷你八卦炉厌恶湿气。看来它是凭自己的意志行动的。她对该如何对待随随便便行动起来的道具感到十分烦恼。该如何用这个妖器之火去烤焦妖怪……。
女仆长十六夜咲夜，从吸血鬼那里接到了命令。是“雾之湖有妖怪在闹事，给我想想办法”这件事。虽然是平时应当不会说这种话的吸血鬼，但因为似乎有什么内幕，也没有深究，就直接出击了。为什么会这么想呢。因为她最近发现了不可思议的剑。那是可以随随便便动起来的剑。暴动的妖怪与不可思议的剑。不可能毫无关联。因为，当她一拿起那把剑，也开始想大闹一场了。
狂暴的妖怪引发的骚动到处频发。随随便便行动起来的道具也随处可见。到底发生了什么。无论是灵梦她们，还是狂暴的妖怪们，都不清楚。逐渐地，令人不安的阴云开始笼罩天空。巨大的建筑在强风中轧轧作响。幻想乡中响彻着不协和的声音。
弹幕天邪鬼：
身为天邪鬼的鬼人正邪。她使用了小人族的至宝「万宝槌」，打算颠覆幻想乡的社会。这个企图以失败告终之后，她却仍未放弃。在得知被万宝槌的魔力侵蚀的道具会自动动起来后，她趁着道具主人没有察觉之际，悄悄地收集了道具。
「把残留在这些道具里的魔力集中起来的话或许……」
但这个企图也不知为何泄露了。在沦为了企图颠覆幻想乡社会的叛逆者的她的面前，妖怪开始接二连三地出现。妖怪们会使用无视规则的弹幕向她发动攻击吧。无需留情，用被诅咒的道具反击吧！
东方深秘录：
人类村落里出现了奇妙的流言。
「长着人脸的狗在翻肥料堆」
「有人看到老婆婆在卖人脚」
这种无聊的流言爆炸式地传开，让孩子们陷入了恐慌。这些流言既真相难解又阴森恐怖，和以袭击人类为本分的妖怪完全不同。因为没有出现实际受害者，渐渐地大人们只把它们看作是孩子们的玩笑话。当然，她们也是不会害怕的。因为她们知道这就是外面世界的“都市传说编出来的故事”。
都市传说有个很奇妙的特征。就是随着口头流传的流言发生变化，怪异现象也会相应地变化。灵梦她们披上和自身相符的流言，像玩具一样玩弄着这些怪异。只要胆子大，敢于主动去操控流言，就能让显现出的怪异变得无害。不仅如此，甚至可以将其化为自己的力量。她们认为，由自己来操纵都市传说，是防止其他人受害必要的手段。事实也的确如此，直到某一天的夜里。
正当都市传说的骚动刚落下帷幕…幻想乡却陷入了毁灭的危机…妖怪看不见的奇异机械，正在将幻想乡一点点净化。机械所过之处，树木枯萎，寸草不生。在都市传说骚动中出现的七颗灵异珠之一的月都之珠，似乎与这有莫大的关系…永琳和辉夜，似乎对这个状况早有预料。受其委托的人类们和永琳的弟子铃仙，在永琳的帮助之下展开调查。遭遇了月之使者的她们，决定前往月都一探究竟。在那被狂气围绕的月之王国，到底发生了什么事情？
在幻想乡的都市传说具现化的同时，「阿波罗号并没有到达月球」这样的流言也在到处传播。与此同时，在山上出现了金属制的蜘蛛。那个蜘蛛正在慢慢地徘徊着。
灵梦「那么，奇怪的机械在？」早苗「那个在朝霭笼罩的山里」它有着与其他哪种幻兽都不像的、毫不累赘的外形。仅在蜘蛛经过的地方的雾气正在消失、树木正在腐朽。
灵梦「像蜘蛛的机械是怎么回事？」
早苗「虽然只是看了一眼，但应该不是和妖怪搞混了」
灵梦「是河童的道具吗」
机械经过之后，生物就没有了生命的迹象。天狗在上空飞着，不知道为何没有注意到蜘蛛。蜘蛛望向山麓，慢慢地从崖上下去了。
早苗「无论如何都有些在意啊。那种形状，我想应该不是偶然」
早苗坐立不安。
灵梦「那是什么啊，总觉得有些急躁」
早苗「那个倒是很像好奇号啊」
辉夜「注定的日子到了呢」
永琳「您要怎么做呢？」
辉夜「这种事情不是早就决定了吗。我已经做好觉悟了」
永琳对理所当然的回答很满意。
永琳「既然那些家伙开始行动了，人类大概根本就无法与之对抗吧。然而，如果我们出手，就中了对方的计了。而且地上的妖怪应该也无法进行干涉吧」
辉夜「那怎么做呢」
永琳「为此，我特地做了一剂药。派铃仙把这个交给巫女她们吧。」
位于魔法之森的魔理沙的家。突然出现的七个灵异珠。其中的一个、代表月之都的球到底是什么呢，魔理沙正在调查这个。
魔理沙「可是不管怎么看，这个都是整个都市传说骚动的元凶啊……」
正在不知所措的时候，那里出现了月之兔、铃仙。
金属制的蜘蛛不会停下净化的脚步。转眼间，树就枯死了。蜘蛛走过后，连杂草也没有留下。幻想乡被完全净化的时候，就会变成完美的世界了吧。成为美丽的无生物星球。
所有不同季节盛开的花都一概在同一个季节内盛放。幻想乡的所有少女们很快就察觉到这次异变的发生。为了解决异变，有些是因为好奇，有些是因为感到有责任，还有些因为觉得很沉闷，大家都各自出发寻找解决办法。很快地，少女们都在红魔馆附近的“雾之湖”处出发，开始四处探求异变的解决方法。
东方文化贴：
文花帖是天狗记下新闻素材的不可思议的笔记本。
魔理沙「说起来，这段时间我捡到了本让我感觉很不爽的笔记本，也不知道是谁的东西」
灵梦「是吗，烧掉了？」
魔理沙「为什么要马上烧掉啊。然后，那本笔记本里密密麻麻地贴着照片，每张还写着自言自语似的解说。很不爽吧？」
霊梦「不爽呢。然后烧掉了？」
魔理沙「啊啊烧掉了呀。在心里。尽是些妖怪和弹幕的奇怪照片，‘这张照片用不了’啦这张照片能当素材’啦，这么写到。呐，很不爽吧？」
乌鸦在叫。差不多快日落了。不是布谷鸟在叫真是太好了。
灵梦「然后，那本笔记本在哪了？」
魔理沙「因为感觉不爽正想带回去，我心里高兴地走着的时候，不知为何已经不在手上了。可恶，也许被乌鸦拿走了吧」
灵梦「那才是令人不爽的事啊。烧的不是笔记本，而是你啊」
天狗和乌鸦在幻想乡能飞得最快。在号外乱飞时，幻想乡的新闻记者射命丸文为了收集素材寻找着妖怪。
东方风神录：
博丽神社。位于幻想乡东侧境界内一个寂静的神社。忘记回家的妖怪们仿佛把这里当成了自己的寝室一般，一直以来这里都因为人类以外的生物而无比的热闹。充满妖怪的神社自然不会有人类的参拜客到访，神社内的神灵因为信仰心的不足而烦恼。即便那样的神社也会有转机到访。神社的巫女，博丽灵梦正烦恼着。
灵梦「怎么样才能把妖怪们赶回去啊。怎么样才能收集人类的信仰啊」
魔理沙「噢。好象很好吃的丸子嘛」
灵梦「啊，魔理沙。嗯」
魔理沙「烦心事吗？」
灵梦「前不久，出现个有点奇怪的访客」
魔理沙「这个神社啊，不净是些奇怪的访客吗」
对于神而言信仰心就是他们的力量。缺少参拜客的博丽神社，其力量逐渐衰退，现在已经跌落到在那据说有八百万众神参与的会谈中其意见被大家无视的地步。即使说幻想乡中的神社仅此一家，但不可否认和外面的世界中拥有若干神社的神相比其拥有的信仰心的不足，博丽神社的地位正急速下跌。
灵梦「的确妖怪也是奇怪的访客。但前不久，来了个奇怪的人类啊」
魔理沙「人类的访客？那还真是希奇啊」
灵梦「那家伙发出了要神社停止营业的命令呢」
魔理沙「等等，你这个神社有在营业吗……」
博丽神社，除了提供神的住处以外，还担当着幻想乡中另一个不可或缺的职责。因此灵梦认为，不管再怎么失去信仰心，停止营业也是不可能发生的事情。那个不可或缺的职责，就是守护隔绝幻想乡和外面世界的境界……。
魔理沙「要神社停止营业啊，真是奇怪啦。说来要怎么处置停止营业后的神社？」
灵梦「要关门吧，那个，说要转让给住在山上的神」
魔理沙「嗯。双重的奇妙感啊」
灵梦「虽然不知道那时侯出现的人类是什么人……不过怎么想这也不是一般的神会说出口的事情吧」
魔理沙「是啊。不过我对那个人类也比较感兴趣就是……那你打算怎么办啊？
不会说当真要把神社转让给那个迷之神吧？」
灵梦「如果说山上那位神能够收集到比现在更多的信仰心的话，那倒是有可能啦。
能帮我把妖怪赶回去，最重要的是那样不就更像一个神社了吗？」
魔理沙「这样啊。就算是神社里的神变了，对于灵梦也没什么大影响是吗」
灵梦「不过呢。怎么想那件事都太可疑了。
想把之前的神赶走，自己趁机篡夺其位这种事情太可疑。那个人类也是，似乎拥有力量……但却是没见过的生面孔。绝对是什么妖怪，冒牌货或者邪神之类的！」
烦恼的结果，灵梦决定亲自上山去见那个所谓的神。有意避免入山的灵梦，终于认真开始考虑关于失去信仰心的神社的问题，下了一个很大的决心。这个时候，她还没想到接下来会有战斗在等待着她。
云上充满了光芒，远处能听见机械传来的声音，是天狗的工场醒来了吗？这里是集落中的人类所无法踏入的世界，树木建造的房屋，不合时令的蛙声，数不清的蛇蜕皮后的空壳。她就在那里，一直呆在这个地方，和一个人类一起。
角首先来到妖怪之山的山脚下，击败了红叶之神秋静叶。之后在烤红薯的香气里打倒了秋静叶的妹妹——丰饶之神秋穰子。随后主角继续进入山中，在树海里击退了试图将其赶走的键山雏。在山中的溪谷，主角偶然遇到了河童——河城荷取。荷取试图阻止主角继续进入，但是被击败。于是主角继续前行，来到九天瀑布，将负责守卫的白狼天狗犬走椛打败。之后受命前来劝阻的射命丸文与主角交涉失败，与主角发生战斗。被打败后，文告诉了主角山上那个刚搬来的神社的位置。来到新神社——守矢神社，主角见到了风祝——东方谷早苗。早苗被打败后，带领主角见到了山上的神明——八坂神奈子。八坂神奈子被击败后，与博丽神社达成了和解。最后灵梦在博丽神社里建了一个守矢神社分社。
东方绯想天：
自从巫女进山以来，已经过了快1年了。博丽神社的危机也避免了，没发生任何事，就这样和往常一样，炎热的夏天来了。但是，巫女却被这连续干旱的异常气象所烦恼。为何在这梅雨季节里，神社几乎连一场雨都没下。不止如此，雨不间断的森林，经常因为浓雾而看不到的洋馆，不存在于这季节的雪……异常气象到此为止，已经是非常严重的异变了。了解这异常气象实情的人，一个都没有。但是，如果仔细观察一下的话，谁都应该看得很清楚了吧。周围时常持续晴天，周围时常持续细雨，周围时常被浓雾所包围的人……对，这气象现象仅仅只是在个人的身边发生。各种各样的气象现象交织在一起的时候，就开始变成了真正的异常气象吧。当窥视到异常气象的原因时，异变解决战争开战的信号在大地响起：
——足以震塌神社的大地震。正因为这个地震，只有在神社的巫女才能感到，所以让她出山调查异变解决的理由已经很充分了。
冬天被白雪覆盖着的博丽神社。虽然神社一度因为地震而倒塌，但是现在已经基本恢复原貌了。有一天，突然发生了一件令博丽神社的巫女，博丽灵梦，大吃一惊的事。在博丽神社的附近，突然冒出了一股冲天的白柱，间歇泉。虽然平时碰上什么突发事件她都会去解决，但是这次的事却让她在惊奇之余更有一种惊喜。因为她觉得间歇泉一定会融化冰雪，并且喷涌出能缓解人类和妖怪疲劳的温泉。
魔理沙「……靠近间歇泉的话不会很危险吗？」
灵梦「毕竟是个招揽神社生意的好机会，就算来客会遇上点危险也没关系的。如果冒出温泉来的话村子里的人绝对回来参拜的。」
魔理沙「我看就算有人来也只是冲着温泉而已」
不过，事实却与灵梦所期望的有点不同。因为从间歇泉里喷涌出来不仅仅是温泉水而已。接二连三地跑出来的还有异样的东西。地灵——居住在地底的妖怪们。因为这个突发情况，灵梦她们也为如何处理这个间歇泉而烦恼着，最终她们决定还是把它当作温泉来对待。
而事实上，那些地灵确实都比较老实。虽说是地灵，但主要都是地缚灵变化而来的。灵梦认为，对于妖怪啊幽灵啊一直横行的幻想乡，就算现在多跑出来这些地灵也不会造成多大的影响。不过，巫女的判断却招来了妖怪们的不满。因为地灵的背后有着灵梦她们所不知道的秘密。住在红魔馆里的魔法使，帕秋莉·诺蕾姬察觉到了地下的妖怪和地灵涌现到地面上来这件事的危机。她曾经在书里看到过，地下沉睡着不输于地上的妖怪的强大力量。也知道地上的妖怪是不能轻易地去到地底之城的。但是，她的身边却没有什么能商讨这个问题的人。灵梦迟迟不行动让她心急如焚，于是她只好很不情愿地去找幻想乡中最古老的妖怪商量了。古老的妖怪——八云紫觉得地上的妖怪对于地底界的干涉应当尽量避免。
紫「地底界属于别的＜组织＞在管理着，所以我们不能采取太明目张胆的行动」
帕琪「如果人类再不采取行动的话那么就会被地底的家伙们占领先机啊，即使这样也没关系吗」
紫「说的也是……而且如果继续放任不管的话你们＜又＞采取什么鲁莽的行动那也不太好呢」
帕琪「又是指的什么……算了这个先不提，你打算行动了？好像你对地底的事也比较了解」
紫「不，我们不必行动。潜入地底的只有人类。因为……这次的事件可能是想要引诱我们出动的陷阱」
紫只答应了把灵梦她们送往地下，而妖怪们则在地上担任援助的工作。被封印的妖怪们，随着强烈的间歇泉的喷涌而觉醒了。大地的记忆一个接着一个地具体化，再过不多久幻想乡就会转回到古老历史的时代了吧。地底的妖怪们因为有着可怕的能力所以才会被囚禁在地底。这些妖怪重返地面，不管对人类还是妖怪来说都是不希望看到的事。静静地闪耀着光亮的雪。被美丽的色彩包围着的宫殿。她，就在那里。
主角开始进入地底世界，而与其搭档的妖怪则在地面上支援。首先来到了昏暗的幻想风穴，在这里主角先后击退了琪斯美和黑谷山女。之后主角继续前行，在洞窟的尽头，来到连接着地底的桥。打败了水桥帕露西，主角进入旧都。在旧都的街道上，与星熊勇仪展开比试。击败星熊勇仪后，主角根据她的提示来到地灵殿，期间击退了猫形态的火焰猫燐的袭扰。之后主角见到了地灵殿的主人古明地觉，并将她打败。觉指出间歇泉可能与她的宠物有关系，于是让主角从中庭进入更深的地下。在灼热地狱遗址里，主角打败了试探其实力的阿燐。阿燐指引主角进入地底都市最深处。在与造成了间歇泉产生的灵乌路空战斗并击败她后，主角明白了怨灵的出现其实是阿燐故意放出以引起地上人注意，而间歇泉已无法停止。不过主角对于附身在阿空体内的神灵感到不解，并对妖怪山上的两位神明产生了怀疑……
东方星莲船：
土地变得泥泞，曾被寒冰覆盖的大地上，万物开始复苏。覆盖着幻想乡的少量积雪，封住了在这个冬天苏醒的地灵们，也足以使妖精们的活动变得迟钝。这样安稳沉睡的季节也即将告一段落。博丽神社。远离人类村庄的边境之地上建起的神社。博丽神社的巫女博丽灵梦从居住在森林里的魔法使那儿听到了一个传闻。据说，有人目击到云的缝隙中有不可思议的船在空中飞行。那艘船在云间穿行着，似乎在寻找着什么。
魔理沙「……那船是七福神所乘坐的宝船，据说只要抓到它就能一辈子衣食无忧了耶。所以说它一直在躲避着欲望深重的人啊」
灵梦「那么蠢的传闻你也信啊？」住在森林的魔法使雾雨魔理沙皱起了眉头。
魔理沙「我怎么可能信啊？再说要是真的有这么艘船在天上飞，在这神社就能看得见才对」
灵梦「宝船啊——」
魔理沙「去年因为夏天气候异常农作物歉收嘛。因为人心不定才会有那样的传闻招摇过市。这就是所谓求神保佑，或者说是等别人来救吧」
灵梦「宝船啊——也就是说，藏着全世界的珍品和金银财宝」
魔理沙「对了。就是据说有七福神乘坐着的宝船。」
灵梦「宝船啊——」
魔理沙「唔……」
灵梦和魔理沙的对话中断了。枳句来巢，空穴来风。虽然不能确定到底有没有宝船，但是说不定是真的有人类看见了天上有什么东西在飞，才传出了这么个传言。两人都像是不愿让对方察觉自己的心思似的。一位从山上下来的访客，打破了这静寂。
早苗「啊，真奇怪。你怎么还在这里呀」
她是最近来到那座山的人类，东风谷早苗。
灵梦「你不常来这里呢。有什么事？」
早苗「虽说没什么大事啦……难道灵梦小姐没有看见天上有一艘船在飘浮吗？我还以为你已经行动起来了呢」
灵梦和魔理沙面面相觑。
灵梦「在空中飘浮的船？」
早苗「我有点事情想要找那艘船，正打算搜集一点信息……」
灵梦「诶？等等」
魔理沙「有船在天上飞，这事是真的？」
早苗「诶？你们不知道吗？你们瞧，明明那么明显的」
早苗以『你怎么才知道』的表情指向空中。灵梦与魔理沙跟着抬起头。在那儿，有一个前所未见的庞大黑影，快要消失在云中。蓝天被船影所遮掩，连云也仿佛变成了紫色。船中空空如也。曾在船中的金银财宝早已散佚，剩下的东西也散发着陈年霉臭。仅凭凛冽春风，仍不足以将那霉味吹散。但是，只有那位大人留下的宝物，即使变成碎片也不会失去威力吧。如果能将那碎片收集起来，说不定……
主角们首先遇到了正搜寻飞仓碎片和宝塔的纳兹琳，将她打败后又遇到了无所事事想要吓人的多多良小伞。小伞被打败后，主角再次看到船，于是继续向船进发。到了船上，认为主角是前来掠夺的云居一轮和云山向主角发起攻击。失败后，暂时逃掉了。之后再次登场的一轮从云山处听说主角正在收集飞仓碎片（UFO）。于是想要主角交出以使某人复活，但是被拒绝。被主角击败后，一轮以为主角想要亲自将那人复活，将主角引进船内。在圣辇船内，主角遇到了船长村纱水蜜。为了使船向魔界进发，村纱拖住了持有飞宝的主角。于是主角与船一进入了魔界。在魔界里，主角再次见到刚刚拿到宝塔的纳兹琳。打败她后，主角见到了毘沙门天的代理寅丸星。寅丸星被击败后，与主角一起解开了封印。在法界中，主角见到被解开封印的圣白莲。因为无法认同白莲对于人与妖怪平等的言论，与她发生战斗。后来，白莲向守矢神社寻求帮助，一同将船改造成命莲寺。
东方神灵庙：
博丽神社，座落于远离村子的边境之地。大地从皑皑白雪的冰封中复甦，幻想乡再度恢复她原本的美貌。樱花与神灵共同漫舞在怡人的春意之中。
灵梦「樱花好看是好看啦」
魔理沙「樱花好看不就好了吗」
在幻想乡里没有活著的生物会白白错过盛开的樱花之美。博丽灵梦和雾雨魔理沙，这两个活人也不例外。
灵梦「但是却有一股不好的预感呢」
魔理沙「真神奇。我也是」
落樱缤纷春不待，如果错过了这次机会，可能得等到紫藤绽放的春夏之际才能赏花了。但是两人依然无心在樱花树下席地而宴。为何呢?因为正体不明的灵体在两人面前倏现骤消的飘浮著。
灵梦「好像，之前也经历过这种幽灵遍地的春天呢」
魔理沙「啊，不过当时根本没办法赏花啦。因为春意都被抢光光了」
灵梦「嗯，当时是冥界那两个人在搞鬼呢」
魔理沙「对嘛，任何和灵体有关的事情肯定和她们脱不了关系」
灵梦「没错，只要这麽想的话淮没错啦」
后来才明白这些四处飘浮的正体不明灵体，既非普通幽灵，也不是前阵子出现的怨灵。这些是神灵。本应超脱为神的灵体。一般而言，神灵多半居住在神社裡，其实它们是随处可见的没有固定型态的灵体。这些神灵让她们困惑不已。
魔理沙「再这样下去，明天就没办法赏花了耶。好吧」
灵梦「什麽？」
魔理沙「啊，嗯。没什麽啦。我只是对这些神秘的灵体感到好奇」
灵梦「是该动身了。调查一下这些灵体出现的原因吧」
眼见机不可失。两人趁著夜色，争先恐后的动身调查。
另一方面，山上的神社也发生了异变。坐落于妖怪之山的守矢神社，神社的巫女东风谷早苗，身边也出现了这些神秘的灵体。早苗觉得很不可思议，不过她察觉到这些灵体并非幽灵。这些灵体是神灵。和神奈子大人以及诹访子大人具有相同的性质。超乎常人的强烈人欲、想法、恐惧与情感，是神灵出现的原因。一般而言，神灵很少危害人类，如果没有强烈的欲望。例如祈求丰收或是除厄避邪等，是不会产生神灵的……。
早苗认为，这些神灵可以利用。收集神灵就像是收集人类的欲望，这和收集信仰本质上是相同的。然而，早苗也不知道为何神灵会如雨后春笋般出现。而且也没发现足以席卷整个幻想乡的巨大欲望。于是早苗决定前去调查神灵出现的原因。值此同时，冥界也出现了异变，有其他灵体混杂在幽灵中。不，正确来说，是从幽灵身上接二连三出现神灵随即消失，然后再度出现不断循环著。
冥界的庭师，魂魄妖梦对此大惑不解。当然，她也感觉到神灵从自己的身上出现。这些虚无飘渺的神灵转眼间就消失，但是却能感受到微薄的意识。不，这些刚诞生的神灵没有什意识可言。或许就像新冒芽的植物驱光性本能一样，一半是人类、一半是幽灵的妖梦能感受到这一点。这些灵的目标是人类村落方向。正当妖梦这麽想的时候，村子方面隐约浮现一抹微亮。
妖梦「原来如此。不是只有我身上会出现神灵，任何生物都会吧。」
于是妖梦放下手边的工作，立刻前去调查，不过……。神灵似乎在寻找能接受自己的人类。
在阴暗土臭的灵庙中。神灵们幽暗的微光勉强映照著四周，但随即被黑暗吸收，连自己的全貌都无法完整呈现。这时候神灵察觉到一件事。我们每个人都有想贪分、闪躲弹幕，或是发动符卡的欲望，但谁能倾听我们这些微小的欲望呢？终究是幻想罢了。这一丁点欲望最后还是得靠自己的努力才能达成。然而神灵依然寄託这一缕微弱的希望坚定不移的朝黑暗中前进。就这样，这些神灵连自己诞生的原因都不知道，最后化为虚无。它们没有注意到，有人正暗自看著这些神灵窃笑。随著复活的时机来临，她的脸上泛起一抹微笑——同时更坚定复仇的誓言。
东方心绮楼：
再三而至的天变地异，无可反抗的天灾之恐怖，这些给人类村落带来了悲观的厌世情绪。村落被沉闷不堪的空气卷旋缠绕。但尽管如此，仍然看不出丝毫的绝望感。非要给个诠释的话，差不多类似于不管怎么做，都不会改变未来的闭塞感吧。
‘这不是挺好嘛！’
不知是谁发出的声音，听起来倒是有那么点道理。对啊，若是不会改变的话，不就表示干啥都行么？没错，包括再多点瞬间性的生活，那种心跳的感觉。于是村落里不再闭塞麻木，居民的心灵被一点点解放，与此同时，秩序也被逐渐地打乱。也有人以别的方面看待这样的情形，他们被称为宗教家。
宗教家考虑的，当然是把混乱不堪的人心掌握到自己的手中。这样在取回秩序的同时，也是给己方收集信仰的绝好机会。
在幻想乡建立寺院的僧侣，舍弃俗世，以不老不死为目标的道士，还有希望复权的巫女。她们下定决心喊出口号。
「这个时候就该是我出场的时候了」。
来吧，以各自的信念为武器，来场充满魅力的战斗吧，宝贵的人气正等着你们去相互争夺！
东方辉针城：
博丽神社。建在远离人类村庄的边远之地的神社。神社的巫女、博丽灵梦正困扰着。因为驱魔棒不听话了。随随便便动起来的驱魔棒。没错，这不就是付丧神化了吗？那么这样一来不就成她的敌人了吗？但是，她并不打算行动。因为，自己动起来的道具非常方便。可能是因为感到内疚，她并没有告诉任何人。就在这时，不曾预料的事态发生了。
魔法森林。全年都十分潮湿的森林。在其中有一个比较干燥的空间。那就是魔法使雾雨魔理沙的家。看来随意驱赶周围的湿气，让这里干燥的，好像就是她引以为豪的道具，迷你八卦炉。喷火的道具迷你八卦炉厌恶湿气。看来它是凭自己的意志行动的。她对该如何对待随随便便行动起来的道具感到十分烦恼。该如何用这个妖器之火去烤焦妖怪……。
女仆长十六夜咲夜，从吸血鬼那里接到了命令。是“雾之湖有妖怪在闹事，给我想想办法”这件事。虽然是平时应当不会说这种话的吸血鬼，但因为似乎有什么内幕，也没有深究，就直接出击了。为什么会这么想呢。因为她最近发现了不可思议的剑。那是可以随随便便动起来的剑。暴动的妖怪与不可思议的剑。不可能毫无关联。因为，当她一拿起那把剑，也开始想大闹一场了。
狂暴的妖怪引发的骚动到处频发。随随便便行动起来的道具也随处可见。到底发生了什么。无论是灵梦她们，还是狂暴的妖怪们，都不清楚。逐渐地，令人不安的阴云开始笼罩天空。巨大的建筑在强风中轧轧作响。幻想乡中响彻着不协和的声音。
弹幕天邪鬼：
身为天邪鬼的鬼人正邪。她使用了小人族的至宝「万宝槌」，打算颠覆幻想乡的社会。这个企图以失败告终之后，她却仍未放弃。在得知被万宝槌的魔力侵蚀的道具会自动动起来后，她趁着道具主人没有察觉之际，悄悄地收集了道具。
「把残留在这些道具里的魔力集中起来的话或许……」
但这个企图也不知为何泄露了。在沦为了企图颠覆幻想乡社会的叛逆者的她的面前，妖怪开始接二连三地出现。妖怪们会使用无视规则的弹幕向她发动攻击吧。无需留情，用被诅咒的道具反击吧！
东方深秘录：
人类村落里出现了奇妙的流言。
「长着人脸的狗在翻肥料堆」
「有人看到老婆婆在卖人脚」
这种无聊的流言爆炸式地传开，让孩子们陷入了恐慌。这些流言既真相难解又阴森恐怖，和以袭击人类为本分的妖怪完全不同。因为没有出现实际受害者，渐渐地大人们只把它们看作是孩子们的玩笑话。当然，她们也是不会害怕的。因为她们知道这就是外面世界的“都市传说编出来的故事”。
都市传说有个很奇妙的特征。就是随着口头流传的流言发生变化，怪异现象也会相应地变化。灵梦她们披上和自身相符的流言，像玩具一样玩弄着这些怪异。只要胆子大，敢于主动去操控流言，就能让显现出的怪异变得无害。不仅如此，甚至可以将其化为自己的力量。她们认为，由自己来操纵都市传说，是防止其他人受害必要的手段。事实也的确如此，直到某一天的夜里。
正当都市传说的骚动刚落下帷幕…幻想乡却陷入了毁灭的危机…妖怪看不见的奇异机械，正在将幻想乡一点点净化。机械所过之处，树木枯萎，寸草不生。在都市传说骚动中出现的七颗灵异珠之一的月都之珠，似乎与这有莫大的关系…永琳和辉夜，似乎对这个状况早有预料。受其委托的人类们和永琳的弟子铃仙，在永琳的帮助之下展开调查。遭遇了月之使者的她们，决定前往月都一探究竟。在那被狂气围绕的月之王国，到底发生了什么事情？
在幻想乡的都市传说具现化的同时，「阿波罗号并没有到达月球」这样的流言也在到处传播。与此同时，在山上出现了金属制的蜘蛛。那个蜘蛛正在慢慢地徘徊着。
灵梦「那么，奇怪的机械在？」早苗「那个在朝霭笼罩的山里」它有着与其他哪种幻兽都不像的、毫不累赘的外形。仅在蜘蛛经过的地方的雾气正在消失、树木正在腐朽。
灵梦「像蜘蛛的机械是怎么回事？」
早苗「虽然只是看了一眼，但应该不是和妖怪搞混了」
灵梦「是河童的道具吗」
机械经过之后，生物就没有了生命的迹象。天狗在上空飞着，不知道为何没有注意到蜘蛛。蜘蛛望向山麓，慢慢地从崖上下去了。
早苗「无论如何都有些在意啊。那种形状，我想应该不是偶然」
早苗坐立不安。
灵梦「那是什么啊，总觉得有些急躁」
早苗「那个倒是很像好奇号啊」
辉夜「注定的日子到了呢」
永琳「您要怎么做呢？」
辉夜「这种事情不是早就决定了吗。我已经做好觉悟了」
永琳对理所当然的回答很满意。
永琳「既然那些家伙开始行动了，人类大概根本就无法与之对抗吧。然而，如果我们出手，就中了对方的计了。而且地上的妖怪应该也无法进行干涉吧」
辉夜「那怎么做呢」
永琳「为此，我特地做了一剂药。派铃仙把这个交给巫女她们吧。」
位于魔法之森的魔理沙的家。突然出现的七个灵异珠。其中的一个、代表月之都的球到底是什么呢，魔理沙正在调查这个。
魔理沙「可是不管怎么看，这个都是整个都市传说骚动的元凶啊……」
正在不知所措的时候，那里出现了月之兔、铃仙。
金属制的蜘蛛不会停下净化的脚步。转眼间，树就枯死了。蜘蛛走过后，连杂草也没有留下。幻想乡被完全净化的时候，就会变成完美的世界了吧。成为美丽的无生物星球。